1991-yil 28-dekabrida Yaponiya O`zbekistonning mustaqilligini tan oldi. 1992-yil-26 yanvarda diplomatik munosabatlar o`rnatildi.
1994, 2002 va 2011 yillarda Yaponiyaga yuqori darajadagi tashriflar bo'lib o'tdi. O‘zbekiston Respublikasi Prezidenti Sh.M.Mirziyoyev 2019 yil 17-20 dekabr kunlari Yaponiyada rasmiy tashrif bilan bo‘ldi.
O`zbekistonga javob tashriflari 2006 yilning avgust oyida Yaponiya bosh vaziri J.Koidzumi va 2015-yil oktabrda Yaponiya bosh vaziri S.Abe tomonidan amalga oshirildi. 2010 va 2014-yillarning mayida Yaponiya bosh vaziri o`rinbosarlari, moliya vazirlari N.Kan va T.Aso O`zbekistonga tashrif buyurdi.
2002 yil 29 iyulda strategik sheriklik munosabatlari o'rnatilgan.
«Yaponiya parlamentining O`zbekiston bilan do`stlik ligasi» va «Yaponiya demokratik partiyasi - O`zbekiston» parlamentlararo do`stlik ligalarining turli forumlar o`tkazishi orqali parlament aloqalari rivojlanib bormoqda.
2019 yil oktyabr oyida O'zbekiston Respublikasi Oliy Majlisi Senatining raisi T.Narbaeva Yaponiya imperatori Naruhitoni taxtga o’tirish marosimida ishtirok etish uchun Yaponiyaga tashrif buyurdi.
2002 yildan boshlab ikki davlatning tashqi ishlar vazirliklari o`rtasida doimiy ravishda siyosiy maslahatlashuvlar o`tkazib kelinmoqda. 2019-yil 29 iyulida siyosiy maslahatlashuvlarning navbatdagi uchrashuvi Toshkent shahrida bo’lib o’tdi.
Mintaqa bilan hamkorlikni chuqurlashtirish maqsadida 2004 yilda Tokio tashabbusi bilan tashkil etilgan «Markaziy Osiyo+Yaponiya» Dialogi o`zaro munosabatlarni rivojlantirishda muhim ahamiyatga ega. Tashqi ishlar vazirlarining 7 ta uchrashuvi va yuqori martabali amaldorlarning 13 ta uchrashuvi bo'lib o'tdi.