Япония признала независимость Узбекистана 28 декабря 1991г. Дипломатические отношения установлены 26 января 1992г.
В 1994, 2002 и 2011 гг. состоялись визиты на высшем уровне в Японию. Президент Республики Узбекистан Ш.М.Мирзиёев посетил Японию с официальным визитом 17-20 декабря 2019г.
Ответно состоялись визиты в Узбекистан премьер-министров Японии Дж.Коидзуми в августе 2006г. и С.Абэ в октябре 2015г.
В мае 2010г. и 2014г. Узбекистан посетили c визитом министры финансов, заместители премьер-министра Японии Н.Кан и Т.Асо, соответственно.
29 июля 2002г. установлены отношения стратегического партнерства.
Активно развиваются межпарламентские связи путем проведения форумов при участии парламентских лиг дружбы «Японская парламентская лига дружбы с Узбекистаном» и «Демократическая партия Японии - Узбекистан».
В октябре 2019г. Японию посетила Председатель Сената Олий Мажлиса Республики Узбекистан Т.Нарбаева для участия в церемонии интронизации Императора Японии Нарухито.
С 2002г. между внешнеполитическими ведомствами двух стран на регулярной основе проводятся политические консультации, очередной раунд которых состоялся 29 июля 2019 г. в г.Ташкенте.
Важным механизмом развития двусторонних отношений является сотрудничество в рамках Диалога «Центральная Азия + Япония», инициированного Токио в 2004г. в целях углубления взаимодействия со странами региона. Состоялись 7 совещаний министров иностранных дел (СМИД) и 13 заседаний старших должностных лиц (СДЛ).