Большую роль в развитии торгово-экономических отношений играют Узбекско-японский и Японо-узбекский комитеты по экономическому сотрудничеству, образованные в 1994г. 15-е совместное заседание указанных комитетов состоялось в июле 2019г. в г.Токио.
В августе 2008г. подписано межправительственное Соглашение «О либерализации, взаимной защите и поощрении инвестиций», которое вступило в силу 24 сентября 2009г.
В Узбекистане создано 22 совместных предприятий, в т.ч. 8 - со 100% японским капиталом, а также аккредитовано 15 представительств японских компаний.
В 2019г. двусторонний товарооборот составил 413,6 млн. долл.
Общий объем финансово-технического содействия Японии Узбекистану составил более 4,1 млрд. долларов. Благодаря финансово-техническому содействию Японии в Узбекистане реализован целый ряд социально-значимых и инфраструктурных проектов в сферах здравоохранения, образования, энергетики, транспорта, телекоммуникаций и на других направлениях.
С 1999г. в Узбекистане осуществляют деятельность региональные офисы Японского Агентства по международному сотрудничеству (ДЖАЙКА) и Японской организации внешней торговли (ДЖЕТРО), а также Узбекско-японский центр.